北京日本学研究中心由中日双方代表北京外国语大学和日本国际交流基金共同设立了北京日本学研究中心教学委员会、学术委员会、对外合作交流委员会、预算委员会、宣传委员会等，同时还设立了其他相关的专门委员会。
北京日本学研究中心设有中方办公室、日方事务室、图书资料部、日本语言研究室、日本语教育研究室、日本文学研究室、日本文化研究室、日本社会研究室、日本经济研究室、客座教授、客座研究员研究室等。
| 主任办公室 | 郭连友 | 中心副主任、博士生导师、教授 |
| 宋金文 | 党总支副书记、教授 | |
| 中方办公室 | 霍华 | 办公室主任 |
| 樊姗姗 | 办公室职员 | |
| 彭卫宁 | 教务主任 | |
| 孙祎阳 | 辅导员 | |
| 周保奇 | 司机 | |
| 日方事务室 | 畔上和子 | 日方事务职员 |
| 图书资料部 | 刘金辉 | 图书资料部负责人 |
| 李琳 | 图书资料部馆员 | |
| 刘永志 | 图书资料部馆员 | |
| 甘鹿鸣 | 图书资料部馆员 | |
| 张哲 | 图书资料部馆员 | |
| 李肸 | 图书资料部馆员 | |
| 日本语言研究室 | 徐一平 | 博士生导师、教授 |
| 谯燕 | 教授 | |
| 日语教育研究室 | 朱桂荣 | 副教授 |
| 费晓东 | 讲师 | |
| 社会研究室 | 周维宏 | 博士生导师、教授 |
| 宋金文 | 教授 | |
| 经济研究室 | 丁红卫 | 副教授 |
| 葛东升 | 讲师 | |
| 文学研究室 | 张龙妹 | 博士生导师、教授 |
| 秦刚 | 教授 | |
| 文化研究室 | 郭连友 | 中心副主任、博士生导师、教授 |
| 张彦丽 | 副教授 | |
| 潘蕾 | 副教授 |
